Ngày 25 tháng 4 năm 1979, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định 181-CP[1]. Theo đó, thành lập xã Phú Lộc ở vùng kinh tế mới Kinh Năm. Khi mới thành lập, xã thuộc huyện Phú Châu.

Ngày 13 tháng 11 năm 1991, huyện Phú Châu được chia lại thành hai huyện An Phú và Tân Châu, xã Phú Lộc thuộc huyện Tân Châu.

Ngày 24 tháng 8 năm 2009, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 40/NQ-CP[3]. Theo đó:

• Điều chỉnh 347 ha diện tích tự nhiên và 1.062 người của xã Phú Lộc về xã Phú Hữu, huyện An Phú quản lý
• Điều chỉnh 513 ha diện tích tự nhiên và 1.415 người của xã Phú Lộc về xã Vĩnh Lộc, huyện An Phú quản lý
• Chuyển huyện Tân Châu thành thị xã Tân Châu.

Sau khi điều chỉnh, xã Phú Lộc còn lại 1.473 ha diện tích tự nhiên và 4.312 người.